Е. И. Гончарук родился 7 января 1930 г. в Большом Острожке Хмельницкого района Винницкой области в многодетной крестьянской семье. В 1948 г. поступил на I курс санитарно-гигиенического факультета Киевского медицинского института, который окончил с отличием, ученым советом института был рекомендован на науч­ную работу (1954 г.). В этом же году поступил в аспиран­туру на кафедру общей гигиены Киевского медицинско­го института, где под руководством заведующего кафед­рой проф. П. И. Баранника подготовил кандидатскую диссертацию на тему: "К вопросу гигиенической оценки очистки бытовых сточных вод на площадках подземного орошения (фильтрации)".